O Sínodo de São Paulo (SSP) foi estabelecido em 21 de julho de 1963. Trata-se da assembleia composta por ministros e presbíteros que representam os Presbitérios de uma determinada região, conforme designado pelo Supremo Concílio. Compete ao Sínodo: a) organizar, disciplinar, fundir, dividir e dissolver Presbitérios; b) resolver dúvidas e questões que subam dos Presbitérios; c) superintender a obra de evangelização, de educação religiosa, o trabalho feminino e o da mocidade, bem como, as instituições religiosas, educativas e sociais, no âmbito sinodal, de acordo com os padrões estabelecidos pelo Supremo Concílio; d) designar ministros e comissões para a execução de seus planos; e) executar e fazer cumprir suas próprias resoluções e as do Supremo Concílio; f) defender os direitos, bens e privilégios da Igreja; g) apreciar os relatórios e examinar as atas dos Presbitérios de sua jurisdição, lançando nos livros respectivos as observações necessárias; h) responder as consultas que lhe forem apresentadas; i) propor ao Supremo Concílio as medidas que julgue de vantagem geral para a Igreja. (Art. 94 da CI-IPB)